La historia de Budapest es la historia de tres ciudades: Obuda, "antigua Buda", Buda, la ciudad alta en la orilla izquierda del Danubio y Pest, la ciudad baja situada en la orilla derecha del río.

La ciudad más antigua es Obuda, ciudad que estuvo ocupada por tribus celtas hasta su conquista por los romanos en el siglo I a.C.

Obuda, a la que los romanos llamaron "Aquincum", fue fundada en el año 89 sobre un antiguo asentamiento celta. Durante cuatro siglos fue la capital de la región romana de Pannonia. Aquincum viene de la palabra "aqua" (con agua), en honor a los numerosos manantiales termales que tanta fama ha dado y dan a Budapest.

Buda nace como colonia romana y su fundación se establece hacia el año 14 a. C.

En el año 896 d. C., la unión de siete tribus magiares derrotó a los romanos colonizando la región e instalándose en Aquincum, a la que años más tarde, siglo XIII, redenominaron Óbuda, y edificaron dos ciudades nuevas separadas por el río, Buda y Pest.

La nación de Hungría nació en el año 1000, con la coronación de su primer rey, Esteban I, y en 1222 se otorgó la primera Carta Magna de la nación.

Los mongoles invadieron y destruyeron la ciudad en el año 1241 y el rey Béla IV la mandó reconstruir dando lugar a la nueva Buda, frente a la antigua Obuda.

Buda se convirtió en la capital del país en 1361, iniciándose una época de floreciente desarrollo que llego a su cima en el siglo XV con el gran emperador Mathias Corvino.

En 1526 Pest cayó en manos de los turcos y poco después, en 1541, Buda. Buda se convirtió en la capital turca, mientras que Pest fue deshabitada. Los turcos retuvieron el poder hasta el año 1686 en que fueron derrotados por los Habsburgo, pasando Budapest a formar parte de los dominios austriacos.

La época de los Habsburgos fue muy floreciente para la ciudad y durante la misma se levantaron numerosas iglesias y edificios públicos. En 1784 José II estableció en Budapest una Universidad y en 1849 se inauguró el primer puente permanente sobre el Danubio, el famosísimo Puente de las Cadenas.

En el marco de las revoluciones que convulsionaron Europa, en el año 1848, los húngaros se sublevaron contra los austriacos siendo sofocados y restableciéndose la autoridad de los Habsburgo.

En 1867 se constituyó el imperio Austrohúngaro, comenzando una época dorada para la capital y la nación. La industria se centró en Pest que se convertiría en la parte más poblada de la ciudad.

En 1873 se unieron definitivamente Obuda, Buda y Pest bajo el nombre de Budapest y la ciudad llegó a ser la segunda en importancia del Imperio Austrohúngaro, tras Viena.

Tras la primera Guerra Mundial, el Tratado de Saint-Germain-en-Laye, por el que Austria renunció a los derechos de la monarquía Austrohúngara, separó a Hungría de Austria constituyéndose el Estado Húngaro Independiente.

Por el Tratado de Trianón de 1920, acuerdo que los aliados impusieron a Hungría trás la caída de Bela Kum, Hungría perdió Eslovaquia, Rutenia, Transilvania, el banato de Temesvar, Croacia y Eslovaquia, en total más de dos tercios de su territorio, y Budapest se convirtió en una exagerada capital para un estado tan empequeñecido.

Durante la Segunda Guerra Mundial Budapest sufrió grandes bombardeos aéreos de los aliados que destruyeron parcialmente la ciudad. Al acabar la contienda cayó en la órbita soviética.

En octubre de 1956 la ciudad se sublevó contra el gobierno y la influencia soviética, a la que puso fin la intervención de las tropas soviéticas.

Con la caída de la Unión Soviética en 1989, Hungría abandonó el comunismo y recuperó su libertad naciendo la República Húngara.

En 2004 Hungria ha pasado a formar parte de la Unión Europea.